بُني مسجد المرادية على يد السلطان مراد الثاني ليكون المبنى المركزي لمجمعه. يشير النقش العربي المكون من ثلاثة أسطر المكتوب بالخط السيلي سلوس على الرخام الموجود فوق باب مدخل المسجد المقوس المسطح إلى أن بناء المسجد بدأ في عام 1425 واكتمل في عام 1426.
يتألف المبنى، وهو أحد المساجد ذات المخطط ”T“ المقلوب (طاباعنيلي، زافيلي)، من مكان العبادة الرئيسي وإيوان مغطى بقبة على الجانبين ومكان الجماعة الأخير خماسي الأعين. يوجد عمودين من الجرانيت مع تيجان أعمدة بيزنطية في مكان الاجتماع الأخير. أما الباب الخشبي المصنوع بتقنية الكندكاري فهو معاصر لتاريخ بناء المسجد ومزخرف بزخارف نباتية دقيقة جداً.