La mosquée et le complexe Emir Sultan ont été construits au XVe siècle, sous le règne du sultan Mehmed Çelebi, par Hundi Fatma Hatun, fille de Yıldırım Bayezid, en l’honneur de son époux, Emir Sultan.
La mosquée Emir Sultan possède la plus grande et la plus belle cour parmi les mosquées de Bursa. La cour est entourée d’un portique en bois maçonné composé de 16 arcs en plein cintre. Deux minarets en pierre se dressent aux coins nord-est et sud-ouest. Les sols de la mosquée et de la dernière salle de prière sont pavés de briques, tandis que la cour est dallée de pierre.
Entièrement détruite en 1795, la mosquée a été reconstruite par Selim III en 1804. Endommagée lors du tremblement de terre de 1855, elle a été réparée à nouveau, mais a perdu une grande partie de son authenticité en raison de ces restaurations.
Dans le mausolée situé dans la cour reposent Emir Sultan, son fils Emir Ali, son épouse Hundi Hatun et leurs deux filles. On trouve également des pièces de chaque côté du mausolée.